Il laboratorio di idraulica "Gaudenzio Fantoli", nella sua struttura base, viene progettato dopo il trasferimento del Politecnico a Città Studi e diventa operativo nel 1939, dopo un periodo di incubazione, nellex Istituto di Idraulica. Il rilevante impegno è sostenuto anche da diverse imprese, specie del settore idroelettrico, e portato a livelli di eccellenza dalla capacità e volontà di personaggi del calibro di Gaudenzio Fantoli e Giulio De Marchi, insigni professori e ingegneri idraulici.
A metà degli anni 50 viene ampliato con la costruzione di un altro piano per soddisfare la crescente richiesta di modellistica fisica che si sviluppa anche in settori differenti dallidroelettrico, quali la regolazione e la dinamica dei corsi dacqua naturali. Si può affermare che sino agli anni 80 tutti i docenti ed i ricercatori dellIstituto, pur in diversa misura, hanno lavorato e prodotto scientificamente lavori maturati con esperienze di laboratorio: tra di essi si vogliono ricordare in particolare i professori Duilio Citrini e Giorgio Noseda.
Dopo un periodo di relativo calo di interesse del mondo dellindustria verso la modellazione fisica (tra l80 e i primi anni 90), si è successivamente assistito a un ritorno alla sperimentazione fisica tramite modelli per applicazioni nel campo della ricerca sia di base che applicata. Nel 1990 lallora Istituto di Idraulica confluisce con il Laboratorio Fantoli nella struttura dipartimentale del D.I.I.A.R..
Le mutate esigenze e lo sviluppo innovativo di tecniche e di strumentazione hanno naturalmente comportato la necessità, nel corso del tempo di vari adeguamenti e degli impianti del laboratorio e di un costante potenziamento delle sue attrezzature e della sua strumentistica.
Infatti tre sono le tipologie principali di attività che sono state svolte e ancor oggi si svolgono nel laboratorio: ricerca pura e applicata, attività di supporto a imprese ed enti esterni e didattica (visite di laboratorio, attività sperimentali divulgative, tesi di laurea e tesi di dottorato).